Magentoでは他のシステムとの連携のために、Rest APIとSOAPのインターフェイスが用意されています。

Magentoから他のシステムに対し連携するにあたっては、カスタマイズをする以外にも、ZapierのようなETLツールを用いることで、開発不要での連携が可能になるケースもあります。
また、商品データや顧客データについてはCSVでの出力が可能であり、注文データについてはエクステンションを用いることでCSV他、JSON等様々なフォーマットでの出力が可能です。

なお、Magentoから連携のジョブを実行する場合は、Magentoに実装されたCronでスケジュール実行することや、リアルタイムでの同期処理を採用することも可能です。